1676 թվականի Հունվարի 17-ին, Սեբաստյա քաղաքում ծնվեց Մանուկը` Պետրոսի և Շահրիստանի զավակը։
Հետագա տարիներին նա իր ծնողների շնորհիվ ստացավ բարձրորակ կրթություն, որը իրեն կպատրաստեր հետագայում ընտանեկան առևտուրը շարունակելու համար։
Դեռ վաղ տարիքից Մանուկը երազում էր դառնալ քահանա։
Նա գտավ մի ընկեր, որի հետ փախան դեպի լեռները, որտեղ ապրեցին որպես ճգնավորներ։
Մանուկի ծնողները գտան նրանց և նրան տարան տուն։ Այս պատահարի մասին տեղեկանալով` մոտակա վանքի` Սուրբ Նշանի վանահայրը, Մանուկին առաջարկեց վանքում հասարակական աշխատանքներ կատարել, ինչը նորից մերժվեց ծնողների կողմից։
1691 թվականն էր, երբ Մանուկը վերջապես թույլատվություն ստացավ իր ծնողներից վանքում աշխատելու համար և շուտով ստացավ սարկավակի աստիճան։ Հենց այս ժամանակ նա իր անունը փոխեց` դնելով Մխիթար։
Տեսնելով, որ վանական կյանքի մակարդակը նախորդ դարերին եղած պատերազմների արդյունքում հազարավոր վանքերի փլուզման պատճառով բավականին ցածր էր, Մխիթարը սկսեց որոնել կրթություն` ճշմարիտ հոգևոր կյանքի մասին։
Սովորելով կաթոլիկության մասին` Մխիթարը որոշեց, որ իր փնտրած պատասխանները ստանալու լավագույն վայրը Հռոմն էր։ Վերջապես, հասնելով Հալեպ, Մխիթարը դարձավ մի կաթողիկոսի աշակերտ, ով իրեն ծանոթացրեց մարդկանց քրիստոնեացման միաբանությանը։ Մխիթարը որոշեց միանալ այդ միաբանությանը, սակայն նա հիվանդ էր դեղնախտով և ի վիճակի չէր շարունակել իր ճանապարհը։ Նա նաև ստացել էր Հայաստանի վարդապետներից մերժում, քանի որ նրանք հաշտ չէին արևմտյան վարդապետության հետ։ Այսպիսով` նրան ստիպեցին ոտաբոբիկ վերադառնալ տուն։